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              产品选择指南

              技术服务信息

              机构用户解决方案

              SMART-Seq® HT Kit
              品牌 Code No. 包装量 价格 说明书 数量
              Clontech 634455 12 Rxns 4,458 元
              Clontech 634456 48 Rxns 16,049 元
              Clontech 634436 480 Rxns 118,883 元
              Clontech 634437 96 Rxns 30,910 元
              Clontech 634438 192 Rxns 57,064 元
              Clontech 634439 96 Rxns 1,199 元
               
              Code No. 产品名称
              634455   SMART-Seq® HT Kit
              634456   SMART-Seq® HT Kit
              634436   SMART-Seq® HT Kit
              634437   SMART-Seq® HT Kit
              634438   SMART-Seq® HT Kit
              634439   SMART-Seq® HT Lysis Components
               
              SMART-Seq HT Kit:高通量的单细胞mRNA-seq分析
               
              · 高灵敏度 - 可以从单细胞或10 pg总RNA起始制备cDNA(起始量:1-100个细胞或10 pg-1 ng总RNA)
              · 高质量的测序数据 - 在SMARTer Ultra Low系列中基因检测数最多;保留全长基因信息,低rRNA比率,有效扩增GC-rich转录本
              · 简便的工作流程 - 只需通过一步RT-PCR反应,即可制备cDNA文库
              · 简单的样品制备 - 直接以细胞起始的单管操作流程,有助于保持样品的完整性
               
              SMART-Seq HT试剂盒旨在以高通量的方式从1-100个细胞或10 pg-1 ng总RNA制备高品质的全长cDNA。该试剂盒是从第4代的SMARTER Ultra Low试剂(SMART-Seq v4)发展而来的,具有简化的操作流程,将原有的逆转录和PCR扩增步骤整合为一步,且不影响性能。细胞分离或RNA提取后,仅通过一步RT-PCR扩增双链cDNA,然后进行纯化完成操作。
              cDNA合成可在4小时内完成,整个文库构建方案可在2天内完成。而且,SMART-Seq HT试剂盒具有与SMART-Seq v4试剂盒相同的灵敏度和可重复性。
              本试剂的核心技术-SMART技术,是一种对全转录组研究,以及包括细胞内剪接位点,可变剪接研究的非常强大的工具,且可以检测全长基因。 Oligo(dT)可以从高品质总RNA(RIN> 8)或完整细胞中特异性扩增mRNA。 通过采用LNA技术,提升了模板转换的效率,这使得本试剂可以检测到比任何以往SMARTer Ultra Low更多的基因。
              图1 SMART-Seq HT的技术流程
               
              图2 SMART-Seq v4和SMART-Seq HT工作流程的比较
               
              SMART-Seq HT(右)是由SMART-Seq v4方法(左)经过改进而来的一个手动操作时间更短的高通量工作流程。使用FACS方法获得单细胞,SMART-Seq HT试剂盒只需3个操作步骤即可制备cDNA,而SMART-Seq v4试剂盒需要6步。SMART-Seq HT工作流程的一个重要步骤是一步RT-PCR,即使用一步RT-PCR缓冲液,进行高效的逆转录和PCR cDNA扩增的过程。 一步RT-PCR缓冲液与AMPure bead纯化兼容,无需添加裂解缓冲液。与SMART-Seq v4试剂盒一样,SMART-Seq HT试剂盒在将cDNA用于测序文库制备(Nextera® XT)之前需要做质量控制(定量和大小分布)。
               
              图3 使用SMART-seq v4 kit和SMART-Seq HT kit从FACS分选的293T细胞中获得的高重复性的基因表达数据
               
              使用SMART-Seq v4试剂盒(SSv4_1-SSv4_12)和SMART-Seq HT试剂盒( HT_1-HT_9)(上图)从21个293T细胞单细胞制备文库,并对每个细胞获得的基因表达性进行评估。层次聚类热图展示了所有细胞之间的Euclidean distances,并显示从0.74到0.97的Pearson相关性。不仅用相同试剂盒制备的细胞之间可以观察到非常高的相关性,而在两种试剂盒之间的相关性也非常高。这些数据表明,SMART-Seq HT的工作流程与SMART-Seq v4相比,在基因表达分析中没有显著的偏差。
               
              图4 SMART-Seq v4 kit和SMART-Seq HT kit之间基因GC含量的表达水平比较
               
              分析由10 pg小鼠脑总RNA制备的文库的GC含量表示(参见表格,上图)。通过GC含量对基因进行分类,并利用散点图显示每个分类中基因的表达水平(FPKM)的重现性。使用SMART-Seq v4(Panel B)或SMART-Seq HT试剂盒(Panel C)分析,基因表达水平显示重复之间的非常高的重现性。GC含量高或低的基因(分别以红色和蓝色显示)在SMART-Seq v4和SMART-Seq HT试剂盒(Panel D)中显示相似的表达水平。因此,在新的SMART-seq HT试剂盒中引入的一步式RT- PCR反应不影响低和高GC含量基因的表达。
              图5 使用SMART-Seq v4和SMART-Seq HT试剂盒鉴定的转录本高度重叠
               
              分析10 pg小鼠脑总RNA制备的文库中,每个试剂盒的三个重复之间检测到的转录本数目(FPKM> 0.1)的重叠情况,发现非常相似(SMART- Seq v 4:61%,SMART-Seq HT:63%)(Panel B)。此外,对每个试剂盒的所有重复的转录本进行这两个试剂盒之间的比较,表明重叠比例为71%,重叠转录本的平均表达水平为37个FPKM。但在每个试剂盒中检测到的非重叠转录本,平均表达水平为6-7个FPKM,均较低。这也表明,低水平表达的转录本不易被识别。
               
              Technote:
              点击图片查看
               
               
               
              产品详情请点击以下链接:
              https://www.takarabio.com/products/next-generation-sequencing/single-cell-rna-seq/high-throughput-single-cell-mrna-seq
               
              视频资料:高通量单细胞全长转录组解决方案
              Takara Bio USA公司Dr. Ankita Das介绍了可以实现较高通量单细胞全长转录组分析的SMART-Seq HT Kit。
               
               
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